Volviendo a la categoría profesional con Paco Herrera a los mandos del equipo en la temporada 92/93, destacan en este periodo las temporadas 95/96, segunda equipacion liverpool siendo entrenador el británico Colin Adisson en la que se alcanza un meritorio sexto puesto y casi se roza con la punta de los dedos la Primera División al empatar a 62 puntos con el C.F. Con este ascenso se inicia la primera época de esplendor del club pacense, pues participó durante siete temporadas consecutivas en la categoría de plata. Badajoz inicia la segunda época de esplendor en su historia que se ve respaldada con once campañas consecutivas en la división de plata. El final de la década de los ochenta transcurre con campañas cercanas al ascenso a Segunda División, como el subcampeonato de la sesión 87/88, pero no es hasta los recién estrenados noventa cuando empieza a mostrar sus aspiraciones reales. Encuadrado en el Grupo II de la Segunda División, el club blanquinegro se adaptó rápidamente a la categoría y no pasó apuros durante sus primeras campañas. Además, tuvo una rivalidad con O’Higgins de Rancagua, ya que en su momento fueron los únicos equipos de la zona centro-sur en la Primera División, de dicha rivalidad surge el «Clásico Huaso».
Campeón indiscutible del Grupo 14 de la Tercera División, disputó la Promoción de ascenso a Segunda B enfrentándose al Atlético Mancha Real, campeón del Grupo 9 de Tercera División, en eliminatoria a ida y vuelta. Así pues en la campaña 90/91 es meritoriamente Campeón de su grupo de Segunda División B, con Félix Castillo en la presidencia, pero en la Promoción de Ascenso no tiene excesiva fortuna y es superado por la SD Compostela, quedando atrás CD Alcoyano y Deportivo Alavés. Badajoz cayó irremediablemente en desgracia y finalizó decimosexto y último clasificado, descendiendo a Tercera División. Badajoz Foot-ball Club. Se formó una directiva mixta y un equipo con jugadores de ambos clubes, vistiendo temporalmente una camiseta azul, con el escudo de la ciudad de dos leones. El Club Atlético Independiente, o simplemente Independiente, es una entidad deportiva y educativa argentina, cuya sede y estadio están localizados en la ciudad de Avellaneda, del aglomerado del Gran Buenos Aires. La temporada finalizaba bien, con el objetivo cumplido, pero el club se jugaba algo más en ese concurso de acreedores, se jugaba la supervivencia, todo dependía de dicho acuerdo que se daría a conocer el 19 de junio, la afición se volcó con varias manifestaciones en apoyo al club, pero las instituciones ya le había dado la espalda, el 19 de junio de 2012 se dictaba sentencia, Hacienda y Seguridad Social rechazaban el concurso, evitando la firma del convenio y se decretaba la liquidación del club, sentencia que sentó precedentes ya que hasta la fecha ningún club del fútbol español se le había rechazado dicho convenio, Hacienda y Seguridad Social acababan con un club Histórico, que poco a poco se iba muriendo, ponían fin a 107 años de Historia, al Decano del Fútbol Extremeño, produciendo una gran conmoción y tristeza en la ciudad.
Una vez en Tercera, Eloy Guerrero llega a un acuerdo para la compraventa del C.D. A principios de la temporada 2008-09, Eloy Guerrero llega a un acuerdo con un grupo de personas relacionadas con el deporte para que se hagan cargo de la gestión del club durante 3 temporadas, con Antonio Guevara como presidente de la Gestora. La temporada 2008-09 fue la de la ilusión y desilusión. De este modo, en la temporada 2005-2006 celebró su centenario bajo la dirección de su dueño Eloy Guerrero, y de la mano deportiva de Antonio ‘Nene’ Montero. Fue fundado en 1923 por un grupo de trabajadores de Grivița bajo el nombre de Asociația culturală și sportivă C.F.R., ya que el club pertenecía a la empresa ferroviaria CFR. En 1915 adoptó la indumentaria actual, con camiseta de franjas verticales blanquinegras, pantalón blanco y medias negras, bajo la denominación de Sport Club Badajoz. En la nuca posee en blanco el ya conocido emblema que hace alusión a los 96 fallecidos en la Tragedia de Hillsborough. El equipo emblema de Los 4 Fantásticos que arrasó en las eliminatorias volvió a juntarse, y Argentina consiguió la victoria.
↑ «Perú cayó 2-0 ante Argentina y quedó eliminado de la Copa América». Tras perder por 2 goles a 1 en el partido de ida, en la vuelta disputada en el Nuevo Vivero ante más de diez mil espectadores consiguió vencer por 1 a 0 con gol de Ruby en la ejecución de un «penalty» cometido sobre Tete, logrando el ascenso y llevando el delirio a las gradas y las calles de la capital pacense. En ese momento la expectativa y el sueño era enorme, más aún porque sonaban con insistencia los nombres de Jorge Burruchaga y Claudio Paul Caniggia para reforzar el mediocampo y el ataque, e incluso Diego Armando Maradona para inaugurar el Estadio Nuevo Vivero. Unos pocos aficionados se reunieron a las 20:00 en los aledaños del Estadio Nuevo Vivero con la esperanza de que el Badajoz se salvara, pero no fue así. Con motivo de los cien años de historia el club presenta el logo-símbolo del centenario y una nueva versión de su himno, a cargo de la banda pacense Veinte:30.
